زندگي حضرت معصومه سلام الله عليها به دو دورة مهم تقسيم مي‎ شود.
1- تولد و كودكي در مدينه 2- حضرت در راه ايران و قم
1- تولد و كودكي در مدينه
حضرت معصومه سلام الله عليها يكي از بانوان با فضيلت و با شخصيت خاندان اهل بيت عليهم السّلام مي ‎باشد پدر بزرگوار او حضرت «موسي بن جعفر» امام هفتم شيعيان مي‎ باشد. مادر گرامي حضرت معصومه «نجمه» مادر بزرگوار امام رضا عليه السّلام مي ‎باشد. نجمه از بانوان با فضيلت و از اسوه ‎هاي تقوا و شرافت و از مخدرات كم نظير تاريخ بشريت است. درباره زمان تولد و وفات فاطمه معصومه سلام الله عليها آن چه مسلم است اين است كه زمان تولد آن حضرت پيش از سال يكصد و هفتاد و نه هجري بوده است زيرا بنابر نقل شيخ كليني در شوال 179 هارون الرشيد امام موسي بن جعفر عليه السّلام پدر حضرت معصومه عليه السّلام را از مدينه به بغداد برد و در آن جا در ماه رجب 183 از دنيا رحلت فرمود. بنابر مدت عمر حضرت معصومه كه از 23 سال كمتر است، نمي‎تواند بعد از سال 179 باشد چون در آن سال‎ ها پدرش در زندان بود.
پس تاريخ ولادت آن حضرت به طور دقيق مشخص نيست ولي طبق اسناد به دست آمده ولادت آن حضرت را در مدينه در سال 173 نقل مي ‎كنند.
درباره تعداد فرزندان حضرت موسي بن جعفر عليه السّلام و اين كه چند تن از آن ‎ها فاطمه نام داشته‎اند اختلاف است. شيخ مفيد تعداد آنان را سي و هفت تن ذكر كرده است؛ نوزده پسر و هجده دختر كه دو تن از دختران، فاطمه نام داشتند. فاطمة‌الكبري و فاطمة الصغري.
حضرت فاطمه معصومه بعد از امام رضا عليه السّلام از ديگر فرزندان حضرت موسي بن جعفر عليه السّلام فاضل‎تر و داراي مقامي شامخ‎ تر مي ‎باشد.
با گذشت ايام، حضرت معصومه سلام الله عليها هم دوران خردسالي را پشت سر گذاشت. و در اين سال ‎ها محل رشد آن حضرت خانداني بود كه او را با دريايي از علم و معرفت رو به رو ساخت.
ولي بيش از ده بهار از عمر شريفش نگذشته بود كه پدر بزرگوارش با زهر جفا در زندان هارون به شهادت رسيد و دريايي از غم و اندوه بر قلب شريفش فرو ريخت كه در اين ايام غم و تنهايي، تنها ماية تسلي او برادرش امام رضا عليه السّلام بود كه ناگهان «مأمون» وجود اقدس امام هشتم را از كانون خانواده جدا نمود و به اجبار به خراسان جلب كرد و به اقامت اجباري در خراسان وادار نموده. حضرت معصومه سلام الله عليها دوري يك ساله فراق برادر را تحمل كرد.

2. حضرت معصومه در راه ايران و قم
يك سال بعد از رفتن حضرت علي بن موسي الرضا عليه السّلام به سرزمين خراسان يعني در سال 201 هـ حضرت معصومه عليها السّلام خواهر حضرت رضا، براي زيارت برادر از مدينه به مقصد خراسان حركت كرد يا به موجب نقلي كه چندان اعتبار ندارد طبق دعوت برادر رهسپار خراسان شد.
چون آن حضرت با همراهانش وارد ساوه شد، بيمار و رنجور بود و مي ‎دانست در آن نزديكي شهري است به نام قم كه مردم آن از دوست‎داران اهل بيت اطهار هستند.
از اين امر چنين استنباط مي ‎شود كه آوازه تشيع مردم قم و علاقه شديد ايشان به اهل بيت به مدينه هم رسيده بود.
در هر حال، حضرت پرسيد ميان ما و قم چند فرسخ فاصله است. گفتند:
ده فرسخ و حضرت دستور حركت به سوي قم را صادر كردند. در اين جا معلوم نيست كه آيا مردم قم از آمدن حضرت فاطمه معصومه عليها السّلام به ساوه اطلاع يافته و به استقبال آن حضرت رفته‎اند و با تجليل و احترام به قم آورده‎اند، يا خود او به طرف قم حركت كرده است.
طبق نقل كتاب قم، روايت صحيح و درست اين است كه چون خبر به آل سعد رسيد با هم اتفاق كردند كه از او درخواست كنند به قم بيايد.
از ميان ايشان، موسي بن خزرج بن سعد اشعري بيرون آمد، و چون به شرف ملازمت حضرت فاطمه رسيد زمام ناقه او بگرفت و به جانب شهر بكشيد و به در سراي خود فرود آورد.
از اين نقل معلوم مي ‎شود كه حضرت فاطمه معصومه عليها السّلام به طرف قم حركت كرده بود و موسي بن خزرج در اثناي راه به وي رسيده بوده است.
محل سراي موسي بن خزرج و حجره‎اي كه حضرت معصومه در آن به عبادت مي‎ پرداخته اكنون معين و زيارتگاه است. گويا در اين سخن اختلافي نباشد كه حضرت فاطمه معصومه عليها السّلام مدت هفده روز در آن محل توقف داشته و پس از آن رحلت فرموده است.
بنابر نوشته كتاب قم، بعد از غسل دادن و كفن كردن و نمازگزاردن برجسد مطهر او، موسي بن خزرج آن حضرت را در زميني در بابلان (همين محل فعلي) نيمه دوّم قرن چهارم كه به او تعلق داشت دفن كرد و بر سر تربت او سايه‎باني درست كرد.

نويسنده كتاب قم مي ‎نويسد:
روايت كرد مرا حسين بن علي بن حسين بن موسي بن بابوبه از محمد بن حسن بن احمد بن الوليد و او از راويان ديگر، كه چون حضرت فاطمه وفات يافت بعد از غسل و تكفين او را به مقبره بابلان بردند و در كنار سردابي گذاشتند.
آل سعد (اشعري) با يكديگر اختلاف كردند در اين باب كه چه كسي سزاوار است در سرداب رود و فاطمه را بر زمين بگذارد و به خاك سپارد كه در اين هنگام از جانب ريگستان دو سوار كه جلو دهان خود را بسته بودند بدان جا آمدند چون به جنازه فاطمه رسيدند، از اسب پياده شدند و بر او نماز گذارده و در سرداب رفتند و جسد مطهر او را دفن كردند و برهيچ كس معلوم نشد كه آن دو سوار كه بودند.
بدون هيچ اختلافي سال وفات آن حضرت را يقيناً 201 هـ نقل كرده‎اند ولي در اين كه در چه روز و ماهي از اين سال بوده اختلاف مي‎ باشد كه بعضي دهم ربيع الثاني را قوي مي ‎دانند.